Le Cilia sono sono strutture simili a peli che si muovono in sincronia determinando il movimento di organismi unicellulari tipo il paramecio. Le Cilia si riscontrano in cellule superficiali specializzate anche negli eucarioti. Per esempio, le cilia ripuliscono i fluidi che ostruiscono la trachea e le tube dell 'ovidotto femminile.

I Flagelli sono delle appendici simili a una frusta che ondeggiando permettono alle cellule di muoversi. Essi sono più lunghi delle cilia, ma hanno una struttura interna simile costituita da microtubuli. I flagelli dei Procarioti e degli eucarioti sono molto diversi.